A USP possui mais de 1.600 grupos de pesquisa certificados pelo CNPq, os quais, em conjunto, contribuem com mais de 20% de toda a produção científica no Brasil. Como evidência da liderança científica exercida pela instituição, 71,5% dos seus 260 Programas de Pós-Graduação atingiram nível de excelência na mais recente avaliação da Capes, com conceitos 5 (n = 78), 6 (n = 57) e 7 (n = 51).
